De acrodo com os actuais verifica-se a seguinte ordem de precedência das bandeiras em território Nacional:

1. Bandeira Nacional de Portugal;
2. Bandeira da União Europeia;
3. Bandeiras de organizações internacionais, por ordem alfabética;
4. Bandeiras de países estrangeiros, por ordem alfabética;
5. Bandeiras de regiões autónomas ou comunidades intermunicipais, por ordem alfabética;
6. Bandeiras de municípios, por ordem alfabética;
7. Bandeiras de freguesias, por ordem alfabética;
8. Bandeiras de organismos públicos, por ordem alfabética;
9. Bandeiras de entidades privadas, por ordem alfabética;
10. Bandeiras de serviço (de sinalização, de certificação, etc.).

Como pode reparar, na ordem de precedências verificada verifica-se que a bandeira da UE, das organizações internacionais, países estrangeiros em detrimento têm precedência sobre as demais bandeiras nacionais, assim, na minha opinião a ordem de precedências deve priviligiar o ordenamento administrativo do país, e então as organizações internacionais e supranacionais pela seguinte  ordem de precedências:

1. Bandeira Nacional de Portugal;
2. Bandeiras de regiões autónomas ou comunidades intermunicipais, por ordem alfabética;
3. Bandeiras de municípios, por ordem alfabética;
4. Bandeiras de freguesias, por ordem alfabética;
5. Bandeiras de organismos públicos, por ordem alfabética;
6. Bandeira da União Europeia;
7. Bandeiras de países estrangeiros, por ordem alfabética; 
8. Bandeiras de organizações internacionais, por ordem alfabética;
9. Bandeiras de entidades privadas, por ordem alfabética;
10. Bandeiras de serviço (de sinalização, de certificação, etc.).

Pois na minha opinião esta ordem de precedência tem em consideração em primeiro lugar as organizações do próprio país e só depois os outros países e organizações externas